子宫底的治疗方法主要是手术，通过子宫成形术、子宫内膜移植术和干细胞植入术等手术来创建人工阴道。然后可以给予雌激素来刺激宫底发育。有些患者的子宫内膜组织会受到刺激而出现月经，但通常量很少。有些单纯性宫底肌病患者没有生育需求，也没有需要干预的特殊临床症状，而那些有周期性腹痛或宫腔积血的患者则可以通过手术治疗将宫腔积血排出。
宫底子宫的治疗方法是宫腔成形术和子宫内膜移植术，即通过宫腔镜和腹腔镜联合手术，从宫颈开口处打开宫腔。手术结束后，植入带有生物抗粘膜的特殊支撑物，支撑物会慢慢增大，直到宫腔能够容纳 5 毫升液体，然后再进行子宫内膜移植。腹部不会留下疤痕，术后可正常来月经和怀孕。子宫内膜移植患者需要联合使用黄体酮和雌激素来刺激子宫内膜的生长。
干细胞植入术是针对结石妇女的最新手术。它是将干细胞植入子宫和阴道的相应部位，使子宫和阴道恢复正常，术后可望来月经甚至生育。这是 “石女之父 ”的又一杰作--阴道粘膜移植术的升级版。它弥补了单纯异体（妈妈）阴道粘膜移植和子宫内膜移植的一些不足。
临床上，治疗始基子宫的最佳年龄是 16-18 岁，因为这个年龄段正是身体发育的高峰期。恢复时间会更短，效果会更好，来月经和正常分娩的希望也会增加。始基子宫被归类为发育不良型子宫。这种类型的子宫非常小，大多没有宫腔，或者只是一个实心的肌肉子宫。始基子宫的症状并不明显。它通常在青春期后才显现出来，没有月经，只有在检查时才能发现。